Depuis son indépendance en 1962, le Burundi a connu des crises répétitives sur fond des clivages politico-ethniques. Des massacres à caractère ethnique ont périodiquement endeuillé le pays (1965, 1969, 1972, 1988, 1991), ont endommagé le tissu social burundais, ont mis à mal la cohésion nationale et hypothéqué son développement socio-économique.

A partir de 1991, le Burundi s'est lancé sur la voie de la démocratie pluraliste. Ce processus démocratique fut couronné par l’élection démocratique du premier président civil à la tête du pays le 21 octobre 1993. Malheureusement, l’assassinat du premier président démocratiquement élu par des militaires, à moins de trois mois après son investiture a replongé le pays dans une avalanche de tueries à caractère ethnique.

Dans ce contexte, l’Eglise dont les rôles importants sont la réconciliation, la promotion de la justice et de la paix, etc. devra se doter d’organes et de méthodes pour accomplir sa fonction dans cette société. A partir de 1998, des négociations entre différents groupes en conflit ont démarré. Des initiatives de retour à la paix ont été lancées par des acteurs nationaux, ainsi que des acteurs internationaux. La Conférence des Évêques Catholiques du Burundi (CECAB) créa la Commission Episcopale Justice et Paix (CEJP) le 08 juillet 1999.

Depuis 20 ans, à cause de sa structure nationale et de la professionnalité de son travail, la CEJP est devenu un acteur indispensable dans le paysage socio-politique burundais.
Elle se saisit des thématiques justice et paix, droits humains, réconciliation, bonne gouvernance, genre, travail de mémoire, etc.
Dans tous ces domaines, la CEJP fait face à de grands défis et tente d'apporter une contribution substantielle à l'amélioration de la situation difficile au Burundi.